Деньги на счету аккаунта и срок, на который оплачен домен, это две в общем случае не связанные вещи. Чтобы вам больше не приходило это сообщение, нужно в контрольной панели в разделе «Домены / Управление» продлить этот домен. С вашего счета спишется сумма, соответствующая стоимости продления домена. Если проигнорировать это сообщение и не продлевать домен, через некоторое время (по окончанию срока регистрации) он перестанет работать.