После регистрации домена для него в директории domains вашего аккаунта будет создана одноименная папка. Файлы сайта нужно загружать именно в неё. Вы сможете обращаться к сайту как с префиксом www, так и без него (например, www.somedomain.ru и somedomain.ru).
Для доменов .рф папка будет создана в формате Punycode.
Примечание: если у вас нет папки domains в домашнем каталоге, вам надо создать папку, одноименную домену, на одном уровне с директорией docs.