Можно ли устанавливать квоты на каждую из баз данных в отдельности?
Нет, устанавливается лишь совокупная квота на все базы данных аккаунта (она зависит от того, какой вариант услуги «СУБД MySQL» вы подключили). Между отдельными БД это дисковое пространство распределяется без ограничений.