У нас PHP работает как модуль Apache, и поэтому невозможно использовать свой php.ini. Для использования собственного php.ini вы можете запустить PHP в режиме CGI.
Однако большую часть настроек можно изменить, не запуская PHP в режиме CGI — с помощью .htaccess и через раздел «Хостинг / Управление / Настройки веб сервера / Настройки PHP» в контрольной панели вашего аккаунта.