Веб-сервер настроен так, что по умолчанию он отдает все страницы в кодировке windows-1251 (cp1251). Но это поведение можно изменить, для этого создайте в нужной папке файл .htaccess и поместите в него такую директиву:
AddDefaultCharset имя_кодировки
Здесь имя_кодировки — название той кодировки, которая используется в ваших файлах. Кроме windows-1251 чаще всего используется кодировка UTF-8, в этом случае директива будет выглядеть так:
AddDefaultCharset utf-8
Если файл .htaccess в нужной папке уже существует, то просто добавьте эту строку в конец. Действие этой директивы распространяется и на все подпапки.